Pradžia

Vilniaus miesto Tarybos 2001 m. balandžio 18 d. sprendimu Vilniaus Užupio gimnazijos bendrojo lavinimo skyriaus pagrindu įsteigta nauja pagrindinė mokykla, pavadinta Petro Vileišio  vardu. Mokyklai, esančiai sostinės senamiestyje, gražia gamta ir meniniais renginiais garsėjančiame Užupyje, suteiktas lietuvių tautos švietėjo Petro Vileišio, skatinusio jaunimą ne tik svajoti, bet ir veikti, mokytis, dirbti, vardas. Tęsiant senąsias Užupio gimnazijos tradicijas didelis dėmesys skiriamas užsienio kalbų mokymuisi bei meninės-kultūrinės veiklos ugdymui.

2001 m. gruodžio 12 dieną Vilniaus miesto taryba patvirtino sprendimą, kuriuo sostinės Petro Vileišio pagrindinė mokykla įtraukta į Lietuvos švietimo įstaigų tinklo pertvarkymo ir atnaujinimo programą. 2003 m. atlikta dalinė mokyklos renovacija. 2011 m. renovuota mokyklos sporto salė. 2011 m. Vilniaus miesto savivaldybės tarybos sprendimu „Dėl Vilniaus miesto savivaldybės bendrojo lavinimo mokyklų pertvarkymo į progimnazijas“ 2011 m. liepos 13 d. Nr. I-149 mokykla tapo progimnazija.

Vilniaus Petro Vileišio progimnazijoje kuriama aplinka, paremta bendradarbiavimu ir partneryste. Siekiama atskleisti vaiko kūrybinį potencialą, individualius gabumus ir  gebėjimus. Rūpinamasi moksleivių motyvacijos ugdymu, užtikrinamas aukštos kokybės mokymas. 2011 m. Vilniaus Petro Vileišio progimnazija atšventė 10-ies metų sukaktį.

Kaitos procesas (2001 – 2021 m. m.)